La Contraloría General de la República imputó responsabilidad social fiscal por 920.646 millones de pesos por el detrimento de recursos públicos de Bioenergy S.A.S, Bionergy Franca S.A.S y Ecopetrol, por las inversiones para terminar la construcción de la Planta 'El Alcaraván', destinada para la producción del etanol en el departamento del Meta.
De acuerdo con el ente de control, la compañía Bioenergy decidió continuar con la ejecución de este proyecto pese a que no era viable financieramente.
Los presuntos responsables son: Jaime Leonardo Flórez Muñoz, gerente general de la compañía desde el 2009 hasta el 2012 y Aleclk Remberto Santamaría de la Cruz, gerente general hasta el 2015. Así como también los miembros principales de la junta directiva: Maria Elena Velázquez, Juan Felipe Munera, María Cortés Arango, Myuing Ho Lee y Claudia Castellanos.
El proceso de contratación para construir esta planta inició en junio de 2010, cuando se pactó con la empresa española Isolux Ingeniería S.A llevar a cabo esta obra. El plazo para su ejecución era de 22 meses, es decir empezaría a funcionar en abril o mayo de 2012.
Sin embargo, el 8 de abril de 2014, después de firmar 6 otrosíes , Bioenergy Zona Franca decidió terminar el contrato y pactar otro con el Consorcio Menegua, el 18 de julio de 2014, para la realización del componente industrial de la planta. Además, la empresa celebró un contrato de interventoría con el Consoricio Applus en septiembre del mismo año.
La planta fue terminada en 2017, después de 7 años de su planeación, con una capacidad de producción de etanol de 504 mil litros al día. Sin embargo, solo fue usada 73 días en 2017, 97 en 2018 y 98 en 2018. Durante estos años se produjeron 131.209.887 litros.
La Contraloría señaló que, sin la cantidad de caña necesaria para usar la planta de etanol se generó una pérdida de inversión por un billón 43.000 millones de pesos, que corresponde al valor de las capitalizaciones realizadas a Bioenergy Zona Franca S.A.S.
A raíz de esta situación, el 17de junio de 2020, la compañía entró en liquidación.
